在人性论方面，他们进一步发展了孟子的性善论，回答了为什么人性本善，为什么会产生恶等问题。人性有“天命之性”和“气质之性”的区别。前者是“理”在人性中的表现，没有受到任何损害，是善良无瑕的；后者是“气”化而生的，因“气”有清浊厚薄，阻碍了“理”的正常发挥，所以有贤愚、善恶的分别。恶就是人欲，和“天理”是对立的，因此要“存天理，灭人欲”。
二程创天理论哲学，把哲学本体论与儒家伦理学直接统一于天理，在理学各派中，最能体现理学的基本特征。这一理论也成为宋代理学发展的主要趋势。虽然二程都以“理”作为哲学的最高范畴，但程颢是以“心”解理，开了日后的“陆王心学”一派；程颐一般是把理与气相对来论述的，开启了“朱学”一派。
圣人当以道心为主
读书，始读，未知有疑；其次，则渐渐有疑；中则节节是疑。过了这一番，疑渐渐释，以至融会贯通，都无所疑，方始是学。
——朱熹
“惟楚有材，于斯为盛。”这副对联被高高地挂在湖南岳麓书院的门口，向世人昭示这里人才济济，是无数潇湘子弟的骄傲。岳麓书院被称为“四大书院”之一，它的兴盛和南宋理学大师朱熹有着密切的关系，现在书院正堂还供奉着朱熹的半身塑像，墙壁上还有朱熹手书的“忠、孝、节、廉”四个大字。