太平军有着严明的纪律。洪秀全于1851年1月初旬返回金田后即诏明5条军纪：“一、遵条命；二、别男行女行；三、秋毫莫犯；四、公心和傩，各遵头目约束；五、同心合力，不得临阵退缩。”太平军的编制仿照《周礼》司马之法，以五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师，五师为军，一军足员为13156人，各级首长称军帅、师帅、旅帅、卒长、两司马等。但在金田时期，军制尚未健全。全军计编成前后左右中五军。前、左两军设有军长，后、右两军设有副军长，其下则有百长、营长等统兵将领。前、左二军且设有先锋长，各统带500名兵将。直到驻军茶地，扩编为十军，始废军长等职，按《太平军目》设立军帅以下各官。但每军仍不足员。
从现存太平天国的家册中，不仅可以看出太平军初起时的严密组织，还可以看出拜上帝会众全家投军后，男女老少分别入营、各尽所能的状况：“后二军军帅梁立泰，年三十四岁，广西浔州府桂平县白沙墟人，庚戌年七月在金田入营，八月封前营长东两司马，九月升前营旅帅，辛开元年十一月封后二师帅，十二月蒙天父天兄天王东王大开天恩，封为后二军军帅。父梁万铸在家升天，母胡大妹随营封为后四军女军帅，妻廖大妹在绣锦衙，妹梁晚妹北殿内贵使，子梁小保幼，女梁二妹幼，以上俱随营。……”